Dezvoltarea maladiilor cronice nebacteriene pot fi condiţionate de infecţiile gastrointestinale anterior suportate (dizenteria etc.), parazitoze intestinale (lambliaza, helmintozele, amoebiaza), incalcarile regimului dietic (regimul dietic neregulat, insuficient sau pre abundent), reactiile alergice, in primul rind la antigenii produselor alimentari. Maladile cronice nebacteriene pot cauza:
- Disbacterioza intestinală
- Hipovitaminoze
- Enzimopatiile înnăscute
- Dereglările imune congenitale (reacţie autoimună către celulele gastrice)
- Patologia asociată gastrică, hepatică, pancreatică şi a căilor biliare.
Modificările celor 3 funcţii de bază a intestinului stau la baza dezvoltării acestor modificări patologice: motorică, secretorie (dereglările digestiei parietale şi intralumenale) şi de absorbție intestinală. În ultimul caz se dezvoltă sindromul de malabsorbţie – deficitul total sau selectiv de absorbţie a proteinelor, lipidelor, carbohidraților, mineralelor, apei şi/ sau vitaminelor. Maladiile intestinale cronice sunt diagnosticate în baza tabloului clinic de o afectare intestinală cronică la care se asociază dezvoltarea distrofiei, anemiei, dereglările indicilor biochimice din ser:
- Hipo- şi disproteinemia
- Hipoalbuminemie
- Dislipoproteinemie
- Hipocolesterolemie
- Hipocalcemie
- Hipokaliemie
- Hiponatriemie.
Enterocolita cronică este necesar de diferenţiat de la dizenterie recidivantă şi enzimopatiile înnăscute: mucoviscidoză, celiakie, intoleranţa proteinei laptelui de vacă, insuficienţa disahardidazelor intestinale, sindromul enteropatiei exsudative).