Detoxicaţia substanţelor chimice se exercită la nivelul aparatului microzomal al hepatocitelor prin hidroxilare. În caz de afectare hepatocitară, viteza inactivării xenobioticelor se reduce.
Amoniul
Amoniul este produsul metabolismului proteic, care se formează în toate ţesuturile. Cantităţile cele mai mari ai amoniului se formează de către bacterii în intestin. Determinarea nivelului de amoniu în serul sanguin la pacienţii cu hepatopatii reprezintă indicatorul şuntării hepatice (substanţele din intestin preponderent sunt absorbite în sistemul venei porte şi trec prin ficat). În cazul hepatopatiilor avansate, secundar unei leziuni masive acute ale hepatocitelor sau dezvoltării în urma hepatopatiilor cronice a colateralelor venoase (ex. în ciroza hepatică), aceste substanţe trec în circuitul general fără a fi detoxicate în ficat şi astfel reflectă nivelul efluxului sângelui portal. Creşterea concentraţiei amoniului a fost înregistrată în hepatita virală. Hiperamoniemie gravă se dezvoltă în caz de insuficienţă hepatică acută, ceea ce se explică prin dezvoltarea cirozei hepatice masive. În caz de afectare a mai mult de 80% din parenchimul hepatic se deteriorează sinteza ureei din amoniu. Nivelul amoniului este sporit la 90% din pacienţi cu encefalopatie hepatică.